Описание: Прямоугольное полотнище жёлтого цвета с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования Сакмарский района в синем, чёрном, красном, зеленом и белом цветах.
Обоснование символики флага Сакмарского район:
«Конный казак показывает основателей и первых поселенцев крепости Сакмара - казаков, а также давние казачьи традиции местного населения. Село Сакмара (в прошлом - крепость Сакмарск, Сакмарский городок) было официально основано согласно резолюции Сената в 1725 году. Однако поселения уральских казаков атамана Фомы Сибирякова и исетских казаков атамана Ивана Гореванова появились здесь несколько ранее. Среди жителей поселения большинство составляли казаки, которые несли постовую пограничную службу. Со времени своего основания Сакмарский городок входил в состав Яицкого казачьего войска, а с формированием Оренбургского казачьего войска Сакмара стала одной из его станиц. Поэтому казак в гербе Сакмарского района изображён в униформе Оренбургского казачьего войска.
Наконец, фигура конного казака являлась неофициальной эмблемой района еще с 1990-х годов, в частности казак с флажком и надписью «Сакмара» несколько лет изображался в заголовке районной газеты «Сакмарские вести».
Казак в гербе района изображён с пикой - одним из основных видов оружия кавалеристов, мастерски управляться с которой умели только казаки. Как гласила пословица: «Казак с пикой в бою семерых стоит». В казачьих войсках к пике крепился небольшой флажок - хорунжевка, который в атаке развевался по ветру и издавал пронзительный звук. Сине-белая хорунжевка соответствует цветам Оренбургского казачьего войска.
Стенозубчатый пояс, напоминающий по форме крепостную стену, в верхней части щита символизирует и Сакмарскую крепость и т.н. «Сакмарскую укрепленную линию». Сакмарская крепость основана значительно раньше самого Оренбурга. Крепость была первым российским форпостом на границе с Азией, положившим начало строительству целого ряда крепостей так называемой «Сакмарской линии», которая была задумана «в подкрепление линии по Уралу» для защиты населения Башкирии от проникавших с юга степных разбойников.
Синий цвет стенозубчатого пояса соответствует войсковому цвету (отличительному цвету лампас, погон, околышей фуражек, верхов шапок, каймы знамён) Оренбургского казачьего войска - голубому.
Синий напоминающий речные волны пояс в нижней части щита обозначает реку Сакмару, давшую название административному центру и всему району, а также, в более широком смысле, обозначает все водные ресурсы Сакмарского района: реки Средняя Каргалка, Каргалка, Янгиз, Салмыш, Чебенька, Елшанка и другие.
Золотое поле щита воспроизводит цвет спелых колосьев пшеницы и обозначает сельскохозяйственный профиль района и основу его благосостояния, а также напоминает о знаменитых земляках, связавших свою судьбу с трудом хлебороба - Героях Социалистического труда В.М. Чердинцеве и В.П. Каратаеве».